Der Aachener Stadtbaumeisters Mefferdatis erbaute die katholische Pfarr- und Dekanatskirche von 1721-1729 im Renaissance-Stil. Der untere Teil des Südturms stammt von einer Vorgängerkirche aus dem 12. Jahrhundert und ist damit eins der ältesten erhaltenen Bauwerke Eupens. Die Innenausstattung ist im Stil des Aachener und Lütticher Barocks gehalten. Die dreischiffige Hallenkirche beeindruckt durch ihre Weiträumigkeit und ihre kostbare Ausstattung.
Hochaltar
Der barocke Hochaltar wurde von den den reichen Bürger der Stadt Eupen, hauptsächlich Tuchhändler und andere Händler, gestiftet und entstand in den Jahren 1740 bis 1744 nach Plänen des Aachener Architekten Johann Joseph Couven.
Das aufwändig gestaltete Bildprogramm beinhaltet geschnitzte Halbreliefs, sechs Säulen mit den Darstellungen der zwölf Apostel, die beiden Heiligen St. Nikolaus und St. Lambertus, darüber Christus mit dem Kreuz und Gottvater, zu ihren Füßen die Weltkugel und als krönenden Abschluss den Heiligen Geist in Gestalt einer Taube im Strahlenkranz.
Kommunionbank und Opfertisch
Die Kommunionbank aus dem Jahr 1740 ist seit dem Umbau von 1980 auf Höhe des Mittelganges zweigeteilt und grenzt den Kirchenraum vom Altarraum ab. Sie zählt zu den wertvollsten Ausstattungsstücken der Kirche und besteht aus einem schwarzen Marmorrahmen, der mit zwölf Messingreliefs und 48 kurzen Messingsäulen bestückt ist.
Sechs dieser sogenannten Baluster wurden bei der Umgestaltung für den Sockel des neuen Opfertischs verwendet. Sie tragen eine etwa 750 kg schwere Platte aus dunklem Marmor.
Seitenaltäre
Die beiden Seitenaltäre stammen ebenfalls aus dem Barock und entsprechen in Stil und Ausführung dem Hochaltar. Die erst im 19. Jahrhundert gefertigten Statuen zeigen Maria Verkündigung beziehungsweise die Muttergottes mit ihrer Mutter, der Heiligen Anna.
Kanzel
Die um 1730 aufgestellte Kanzel ist eines der ältesten Kunstwerke der Kirche. Sie ist mit Darstellungen Christus des Erlösers, der Gottesmutter und des Heiligen Josef verziert.
Die mit einem Flachrelief des Heiligen Nikolaus versehene Rückwand leitet zum sogenannten Schalldeckel über, der von einer Figur des segnenden Gottesvaters auf der Weltkugel bekrönt wird. Die Unterseite des Schalldeckels schmückt die Taube des Heiligen Geistes im Strahlenkranz. Das Geländer des Kanzelaufgangs besticht durch sein durchbrochenes Schnitzwerk.
Kirchenbänke
Insgesamt 84 Kirchenbänke wurden in der Zeit zwischen 1730 und 1850 in einem einheitlichen Stil aus Eichenholz angefertigt. Sie wurden teils von der Obrigkeit der Stadt, teils von einflussreichen Bürgern in Auftrag gegeben und finanziert. Bei Bedarf konnte man sie dauerhaft mieten. Pächter wie Stifter ließen dann ihre Namen in das Holz schnitzen und vermitteln damit heute noch ein Bild der damaligen Honoratioren der Stadt.
Säulen
Vierzehn Säulen tragen das mächtige kuppelartige Kreuzgewölbe.
Beichtstühle
Im Jahre 1771 wurden die mit prächtigen Rokoko-Schnitzereien verzierten Beichtstühle aufgestellt. Es handelt sich um Arbeiten Eupener Schreinermeister. In den Giebeln der beiden vorderen sind die Wappen der Stifter zu sehen.
Orgel
Die erste größere Orgel wurde zwischen 1760 und 1763 gefertigt. In den darauffolgenden Jahrzehnten wurde sie immer wieder saniert, restauriert sowie technisch erweitert, zuletzt im Jahr 1966. Die heutige Orgel in der Nikolauskirche hat daher mit der Urfassung so gut wie nichts mehr gemeinsam.
