In het begin werd de godsdienstviering gehouden in een eenvoudige kamer met een klein altaar. Om de patiënten een mis te kunnen aanbieden werd er vanaf 1876 geld ingezameld en startte de bouw van een kapel in een gedeelte van de zijvleugel. In 1880 werd de eerste kapel ingewijd en in 1907 werd een grotere stenen bouw in neoromaanse stijl afgewerkt. In 1925 kregen de nonnen een eigen verpleegstershuis en opnieuw een uitgebreidere, nieuwe ziekenhuiskapel. Zelfs nadat de laatste Franciscanessen eind 1989 het St. Nicolaus-Hospitaal verlaten hebben blijft de ziekenkapel niet alleen voor zieken maar ook voor veel burgers uit Eupen een plaats voor een kort gebed in het leven van alledag.
Inrichting
Het grote kruis in het hoogkoor dateerd van na de de Tweede Wereldoorlog. De Christusfiguur werd door een kunstenaar uit Oberammergau in hout uitgesneden.
De kruisweg werd gemaakt door een Beiers kunstenaar en werd in 1965 gewijd.
De twee standbeelden (Maria en Jozef) werden uit hout gesneden door de vader van een ordezuster en zijn een geschenk aan het ziekenhuis.
In 1883 werd de altaarsteen van de ziekenhuiskapel gewijd met een relikwie van de Heilige Gertrude; reeds in 1908 werd deze ingezet in het neo-romaans altaar. Het staat niet eenduidig vast om welke patroonheilige het gaat.
Vensters
In december 1944 werden de muur van het koor en vier vensters vernield door een bombardement. Pas kort voor kerstmis 1956 konden de voorlopige ruiten vervangen worden. De financiering was te danken aan een schenking van de artsen van het ziekenhuis, het personeel, de buren en enkele vrienden. Dankzij verdere geldinzamelingen werden ook de resterende ruiten in 1957 vernieuwd.
De ontwerpen zijn van de Franse kunstenaar Guy Chabrol uit Chartres. De beroemde middeleeuwse kerkramen met de vurige kleuren uit deze stad waren hiervoor meebepalend. Bij de werken in Eupen gaat het over expressionistische kerkramen met figuratieve afbeeldingen. Ze tonen de Heilige Familie, de symbolen van de vier evangelisten, een Franciscanes met een zieke en de Heilige Franciscus van Assisi met vogels en bloemen.
