Au départ, les dévotions domestiques avaient lieu dans une simple chambre abritant un petit autel. Ensuite, à partir de 1876, on récolta des dons afin de pouvoir offrir des messes aux patients et la construction de la chapelle dans une partie de l’aile latérale débuta. La première chapelle fut inaugurée en 1880. Un plus grand édifice en briques édifié dans le style néo-roman fut achevé en 1907. En 1925, les religieuses purent emménager dans leur propre Maison des Religieuses en bénéficiant une fois encore, d’une chapelle d’hôpital agrandie. Malgré le départ des dernières sœurs Franciscaines de l’hôpital Saint Nicolas fin 1989, la chapelle reste un lieu de recueillement non seulement pour les malades, mais aussi pour de nombreux Eupenois qui s’y arrêtent pour une courte prière.
Décoration intérieure
La grande croix dans le chœur date de l’époque d’après la Second Guerre mondiale. Un sculpteur d’Oberammergau réalisa le corps du Christ.
Egalement réalisé par un artiste bavarois, le Chemin de croix fut consacré en 1965.
Les deux statues (Marie et Joseph) sont l’œuvre du père d’une religieuse. Elles furent offertes à l‘hôpital.
En 1883, la pierre d’autel de la chapelle fut consacrée avec une relique de Sainte Gertrude. En 1908, celle-ci fut incorporée à l’autel néo-roman. Il n’est pas clairement déterminé de quelle Sainte Patronne il s’agit.
Vitraux
Les murs du chœur ainsi que quatre vitraux furent détruits lors du bombardement en décembre 1944. Les vitres provisoires purent seulement être remplacées peu avant la Noël 1956. Le financement se fit via des dons des médecins de l’hôpital, du personnel, des voisins et de quelques amis. Grâce à des dons supplémentaires, les travaux définitifs de réfection des vitraux purent être réalisés en 1957.
Les ébauches furent réalisées par l’artiste français Guy Chabrol de Chartres. Il s’inspira des célèbres vitraux moyenâgeux de Chartres avec leurs superbes couleurs scintillantes. Les vitraux réalisés à Eupen sont de style expressionniste aux représentations figuratives. Celles-ci dépeignent la Sainte Famille, les symboles des quatre évangélistes, une Franciscaine avec un malade, ainsi que Saint François d’Assise affublé d’oiseaux et de fleurs.
